Taxonomías para Colecciones de Historia Natural

Las colecciones de historia natural en museos de todo el mundo son depósitos de enormes cantidades de especímenes biológicos conservados que documentan la biodiversidad pasada y presente de nuestro planeta, incluidas muchas especies extintas. Esas colecciones contienen objetos como animales de peluche y montados, insectos clavados, plantas secas, semillas y frutas, así como todo tipo de fósiles. En el pasado, la mayoría de estos especímenes solo eran accesibles para los científicos, pero hoy en día la digitalización los hace cada vez más visibles para el público. Las galerías virtuales de imágenes y modelos 3D, así como los vídeos y archivos de audio, permiten explorar los tesoros ocultos de los depósitos del museo, que suelen estar fuera del alcance de los visitantes habituales. El agregador de historia natural de Europeana, OpenUp!, aporta actualmente 8,7 millones de objetos de 34 instituciones al portal Europeana. Esa provisión de datos se basa en infraestructuras de datos establecidas en el ámbito de la historia natural, a saber, el Servicio de Acceso a la Colección Biológica para Europa y el Mecanismo Mundial de Información sobre la Biodiversidad.

Para encontrar estos objetos en Europeana Collections, el punto de acceso más común es el nombre del organismo. Los biólogos utilizan binomios —nombres que consisten en dos partes, como Ursus maritimus para el oso polar— para designar especies. A diferencia de los nombres comunes en varios idiomas, estos nombres (latinizados) se usan internacionalmente. Las especies que comparten ciertas características se agrupan en géneros, que a su vez se agrupan en familias. Al definir varios grupos jerárquicos de organismos con características y ascendencia compartidas (los llamados taxones), los biólogos (taxonomistas) crean taxonomías. La especie Ursus maritimus estaría en el nivel inferior de dicha taxonomía, junto con Ursus arctos (oso pardo) y Ursus thibetanus (oso negro asiático) pertenece al género Ursus, que a su vez pertenece a la familia de Ursidae; en el nivel superior sería Animalia como un reino.

Las taxonomías representan nuestra comprensión de la biodiversidad y la evolución de las especies, que está sujeta a una investigación permanente. En consecuencia, las taxonomías están en flujo constante. A medida que se descubran nuevas especies, se agregarán nuevos nombres. La investigación sistemática podría descubrir que una determinada especie está más estrechamente relacionada con otro género, por lo que parte del binomio de la especie debe cambiarse. Un género puede fusionarse con otro género o dividirse en varios géneros, lo que requiere que se cambien varios nombres de especies. Los grupos enteros de taxones pueden trasladarse a otras partes del árbol jerárquico como resultado del conocimiento recién descubierto sobre la ascendencia común, por ejemplo, en los casos en que las características morfológicas utilizadas tradicionalmente deben reconsiderarse a la luz de la evidencia molecular. Peculiaridades como homónimos (nombres idénticos para diferentes especies) y sinónimos (varios nombres para una especie) se suman a las dificultades para lidiar con las taxonomías. La complejidad del manejo de estos datos dinámicos dio lugar al nuevo campo de la computación taxonómica.

Las taxonomías tradicionales a menudo tratan con un grupo definido de organismos, por ejemplo, una cierta familia, clase o reino, y se refieren a una cierta región geográfica, en la que el grupo descrito es bien conocido y documentado. Ejemplos de ello son las «listas de control taxonómico» regionales, como Euro + Med PlantBase (plantas vasculares de Europa y la región mediterránea) y Fauna Europaea (animales terrestres y de agua dulce europeos), que son esfuerzos conjuntos de taxonomistas de muchas instituciones y se actualizan constantemente. Iniciativas como la Infraestructura Paneuropea de Directorios de Especies (PESI) fusionan taxonomías de diferentes comunidades en una única lista de comprobación de todos los taxones. Iniciativas similares existen a nivel mundial: El Catálogo de Vida reúne datos de 168 bases de datos taxonómicas en un índice autorizado de especies conocidas de animales, plantas, hongos y microorganismos, que actualmente enumera 1,8 millones de las 1,9 millones de especies nombradas en el mundo. La taxonomía troncal de GBIF se basa en el Catálogo de la Vida y se reúne periódicamente en un proceso automático a partir de 56 fuentes. 

Huelga decir que la decisión sobre qué lista de verificación debe usarse para una colección depende de la cobertura taxonómica y geográfica. Las taxonomías se actualizan constantemente, por lo que la coincidencia de objetos de colección con cualquiera de las listas de verificación mencionadas debe realizarse a intervalos regulares. La mayoría de ellos están disponibles a través de servicios web que permiten una fácil integración en las infraestructuras y productos existentes. Las listas de verificación sinónimas regionales y globales como PESI y el Catálogo de Vida se pueden utilizar para implementar mecanismos de expansión de consultas que extienden las consultas de los usuarios para un taxón a todos los sinónimos conocidos de este taxón. Estas funciones de ampliación de consultas ya son de última generación en los portales de biodiversidad.

Para los especímenes de historia natural, los identificadores de datos abiertos vinculados se han utilizado ampliamente en el pasado reciente, por ejemplo, mediante la implementación de los identificadores estables HTTP del Consorcio de Instalaciones Taxonómicas Europeas (CETAF). Para los taxones, se están discutiendo iniciativas similares, pero la incertidumbre inherente y el flujo constante de taxonomías hacen que los taxones no sean fáciles de comprender y obstaculizan tales esfuerzos.

Un problema que no puede resolverse utilizando taxonomías canónicas es la cuestión de las identificaciones erróneas: especímenes confundidos con una determinada especie, lo que da lugar a que se utilicen nombres incorrectos para los objetos. Esto no se puede evitar por completo teniendo en cuenta que algunas colecciones contienen millones de especímenes, que no se pueden actualizar constantemente. Por lo tanto, esto debe tenerse en cuenta al usar los datos.

Para OpenUp!, no se utiliza una taxonomía uniforme para los objetos de la muestra. Como los datos son proporcionados por instituciones que son expertos en sus respectivos campos, se espera que apliquen listas de verificación apropiadas sobre sus datos antes de alimentarlos a OpenUp. Sin embargo, para aumentar la accesibilidad, OpenUp! enriquece los metadatos de los objetos con nombres comunes en 300 idiomas y dialectos, de modo que se puede encontrar una especie (con cierta certeza) sin conocer su nombre científico. El enriquecimiento adicional incluye enlaces a la literatura científica disponible en la Biblioteca del Patrimonio de la Biodiversidad (BHL), un consorcio dedicado a hacer accesible en línea la literatura heredada sobre biodiversidad.

Agradecimientos: Me gustaría dar las gracias a mis colegas Walter Berendsohn, Petra Böttinger, Gabi Dröge, Anton Güntsch, Agnes Kirchhoff y Gerda Koch por sus valiosos comentarios y sugerencias.

Atribuciones de imagen:

1. Ursus thibetanus G.[Barón] Cuvier, 1823, Museumfür Naturkunde Berlín, Alemania, CC BY-SA
2. Los siete principales rangos taxonómicos de una clasificación biológica, Peter Halasz, Wikimedia Commons, Public Domain. 
3. Testudo hermanni Gmelin, 1789, Muséum national d'Histoire naturelle, Francia, CC BY-NC-ND