Zbierky prírodných dejín v múzeách po celom svete sú úložiskom obrovského množstva zachovaných biologických exemplárov, ktoré dokumentujú minulú a súčasnú biodiverzitu našej planéty vrátane mnohých vyhynutých druhov. Tieto zbierky obsahujú predmety, ako sú vypchaté a namontované zvieratá, pripnutý hmyz, sušené rastliny, semená a ovocie, ako aj všetky druhy fosílií. V minulosti bola väčšina týchto exemplárov prístupná len vedcom, ale dnes ich digitalizácia čoraz viac zviditeľňuje pre verejnosť. Virtuálne galérie obrázkov a 3D modelov, ako aj videá a zvukové súbory umožňujú preskúmať skryté poklady dep múzea, ktoré sú pre pravidelných návštevníkov zvyčajne mimo hraníc. Agregátor prírodnej histórie Europeany OpenUp! v súčasnosti prispieva na portál Europeany 8,7 miliónmi objektov z 34 inštitúcií. Toto poskytovanie údajov sa opiera o zavedené dátové infraštruktúry v oblasti prírodnej histórie, konkrétne o službu prístupu k biologickému zhromažďovaniu pre Európu a globálny informačný nástroj o biodiverzite.
![Ursus thibetanus G.[Baron] Cuvier, 1823, Museumfür Naturkunde Berlin, Nemecko, CC BY-SA](/files/Images/Blog_images/2019-01/Ursusthibetanus.jpeg)
Najbežnejším prístupovým bodom k nájdeniu týchto predmetov v zbierkach Europeany je názov organizmu. Biológovia používajú binomické názvy – názvy pozostávajúce z dvoch častí, ako je Ursus maritimus pre ľadového medveďa – na označenie druhov. Na rozdiel od bežných názvov v rôznych jazykoch sa tieto (latinizované) názvy používajú na medzinárodnej úrovni. Druhy s určitými vlastnosťami sú zoskupené do rodov, ktoré sú zasa zoskupené do rodín. Vymedzením niekoľkých hierarchických skupín organizmov so spoločnými vlastnosťami a predkami (tzv. taxonómie) biológovia (taxonomisti) vytvárajú taxonómie. Druh Ursus maritimus by bol na spodnej úrovni takejto taxonómie spolu s Ursus arctos (hnedý medveď) a Ursus thibetanus (ázijský čierny medveď) patrí do rodu Ursus, ktorý zase patrí do čeľade Ursidae; Na najvyššej úrovni by bola Animalia ako kráľovstvo.
Taxonómie predstavujú naše chápanie biodiverzity a vývoja druhov, ktoré je predmetom stáleho výskumu. V dôsledku toho sú taxonómie v neustálom toku. Keď sa objavia nové druhy, pridajú sa nové mená. Systematickým výskumom by sa mohlo zistiť, že určitý druh je užšie príbuzný s iným rodom, takže časť binomického druhu sa musí zmeniť. Rod môže byť zlúčený s iným rodom alebo rozdelený do niekoľkých rodov, čo si vyžaduje zmenu niekoľkých názvov druhov. Celé taxónové skupiny sa môžu presunúť do iných častí hierarchického stromu v dôsledku novoobjavených poznatkov o spoločnom pôvode, napr. v prípadoch, keď sa tradične používané morfologické vlastnosti musia prehodnotiť na základe molekulárnych dôkazov. Zvláštnosti ako homonymá (rovnaké názvy pre rôzne druhy) a synonymá (niekoľko názvov pre jeden druh) prispievajú k ťažkostiam pri riešení taxonómií. Zložitosť spracovania takýchto dynamických údajov viedla k vzniku novej oblasti taxonomickej výpočtovej techniky.
Tradičné taxonómie sa často zaoberajú definovanou skupinou organizmov, napr. určitou rodinou, triedou alebo kráľovstvom, a odkazujú na určitú geografickú oblasť, v ktorej je opísaná skupina dobre známa a zdokumentovaná. Príkladom sú regionálne „taxonomické kontrolné zoznamy“, ako sú Euro + Med PlantBase (cievne rastliny v Európe a stredozemskom regióne) a Fauna Europaea (európske suchozemské a sladkovodné živočíchy), ktoré sú spoločným úsilím taxonomikov z mnohých inštitúcií a neustále sa aktualizujú. Iniciatívy, ako je celoeurópska infraštruktúra pre adresáre druhov (PESI), zlučujú taxonómie z rôznych komunít do jedného kontrolného zoznamu pre všetky taxóny. Podobné iniciatívy existujú na celosvetovej úrovni: Katalóg života zhromažďuje údaje zo 168 taxonomických databáz do autoritatívneho indexu známych druhov zvierat, rastlín, húb a mikroorganizmov, ktorý v súčasnosti uvádza 1,8 m z 1,9 m pomenovaných druhov na svete. Základná taxonómia GBIF vychádza z Katalógu života a pravidelne sa montuje v automatickom procese z 56 zdrojov.
Netreba dodávať, že rozhodnutie o tom, ktorý kontrolný zoznam by sa mal použiť na zber, závisí od taxonomického a geografického pokrytia. Taxonómie sa neustále aktualizujú, takže párovanie predmetov zberu s ktorýmkoľvek z uvedených kontrolných zoznamov by sa malo vykonávať v pravidelných intervaloch. Väčšina z nich je dostupná prostredníctvom webových služieb, ktoré umožňujú jednoduchú integráciu do existujúcich infraštruktúr a produktov. Regionálne a globálne synonymizované kontrolné zoznamy, ako sú PESI a Katalóg života, sa môžu použiť na implementáciu mechanizmov rozšírenia dotazov, ktoré rozširujú používateľské dotazy na taxón na všetky známe synonymá tohto taxónu. Takéto funkcie rozšírenia dopytu sú už na portáloch biodiverzity najmodernejšie.
V prípade vzoriek s prírodnou históriou sa v nedávnej minulosti široko používali identifikátory prepojených otvorených údajov, napríklad zavedením HTTP stabilných identifikátorov Konzorcia európskych taxonomických zariadení (CETAF). V prípade taxónov sa diskutuje o podobných iniciatívach, ale inherentná neistota a neustály tok taxonómií spôsobujú, že taxonómie nie je ľahké pochopiť a brzdia takéto úsilie.
Problém, ktorý sa nedá vyriešiť pomocou kanonických taxonómií, je problém nesprávnej identifikácie – exemplárov, ktoré sa mýlia s určitým druhom, čo vedie k používaniu nesprávnych názvov pre predmety. Tomu sa nedá úplne vyhnúť vzhľadom na to, že niektoré zbierky obsahujú milióny exemplárov, ktoré nemožno neustále aktualizovať. To by sa malo brať do úvahy pri používaní údajov.
V prípade OpenUp! sa pre exemplárové objekty nepoužíva žiadna jednotná taxonómia. Keďže údaje poskytujú inštitúcie, ktoré sú odborníkmi vo svojich príslušných oblastiach, očakáva sa, že na svoje údaje použijú vhodné kontrolné zoznamy predtým, ako ich zašlú do OpenUp. S cieľom zvýšiť prístupnosť však OpenUp! obohacuje metaúdaje objektov o bežné názvy v 300 jazykoch a dialektoch, takže druh možno nájsť (s určitou istotou) bez toho, aby poznal jeho vedecký názov. Ďalšie obohacovanie zahŕňa odkazy na vedeckú literatúru dostupnú v knižnici dedičstva biodiverzity (BHL), konzorcium zamerané na sprístupnenie pôvodnej literatúry o biodiverzite online.
Poďakovanie: Chcel by som poďakovať svojim kolegom Walterovi Berendsohnovi, Petre Böttingerovej, Gabi Drögeovej, Antonovi Güntschovi, Agnes Kirchhoffovej a Gerde Kochovej za ich cenné pripomienky a návrhy.
Atribúty obrázkov:
- Ursus thibetanus G.[Baron] Cuvier, 1823, Museumfür Naturkunde Berlin, Nemecko, CC BY-SA
- Sedem hlavných taxonomických radov biologickej klasifikácie, Peter Halasz, Wikimedia Commons, Public Domain.
- Testudo hermanni Gmelin, 1789, Muséum national d'Histoire naturelle, Francúzsko, CC BY-NC-ND
