Loodusloo kogud maailma muuseumides on tohutu hulga säilinud bioloogiliste isendite hoidlad, mis dokumenteerivad meie planeedi varasemat ja praegust bioloogilist mitmekesisust, sealhulgas paljusid väljasurnud liike. Need kollektsioonid sisaldavad selliseid esemeid nagu täidisega ja paigaldatud loomad, kinnitatud putukad, kuivatatud taimed, seemned ja puuviljad ning igasugused fossiilid. Varem oli enamik neist isenditest kättesaadavad ainult teadlastele, kuid tänapäeval muudab digiteerimine need avalikkusele üha nähtavamaks. Piltide ja 3D-mudelite virtuaalsed galeriid, samuti videod ja audiofailid võimaldavad uurida muuseumi hoidlate peidetud aardeid, mis on tavakülastajate jaoks tavaliselt keelatud. Europeana loodusloo koondaja OpenUp! annab praegu Europeana portaalile üle 8,7 miljonit objekti 34 institutsioonist. See andmete esitamine tugineb loodusloo valdkonnas väljakujunenud andmetaristutele, nimelt Euroopa bioloogilisele kogule juurdepääsu teenusele ja ülemaailmsele bioloogilise mitmekesisuse teaberahastule.
Nende objektide leidmiseks Europeana kollektsioonidest on kõige tavalisem juurdepääsupunkt organismi nimi. Bioloogid kasutavad liikide tähistamiseks kahekomponentseid nimetusi, mis koosnevad kahest osast, näiteks jääkaru Ursus maritimus. Erinevalt tavanimetustest eri keeltes kasutatakse neid (ladinakeelseid) nimetusi rahvusvaheliselt. Teatud omadustega liigid on rühmitatud perekondadesse, mis omakorda on rühmitatud perekondadesse. Määratledes mitu ühiste omaduste ja esivanematega organismide hierarhilist rühma (nn taksonid), loovad bioloogid (taksonoomid) taksonoomiaid. liik Ursus maritimus oleks sellise taksonoomia alumisel tasandil koos Ursus arctos’e (pruun karu) ja Ursus thibetanus’ega (aasia must karu), mis kuulub perekonda Ursus, mis omakorda kuulub Ursidae perekonda; Tipptasemel oleks Animalia kui kuningriik.
Taksonoomiad esindavad meie arusaama liikide bioloogilisest mitmekesisusest ja evolutsioonist, mida uuritakse pidevalt. Seega on taksonoomiad pidevas voolus. Uute liikide avastamisel lisatakse uusi nimesid. Süstemaatilised uuringud võivad avastada, et teatav liik on tihedamalt seotud teise perekonnaga, nii et osa liigi binomiaalist tuleb muuta. Perekond võidakse ühendada teise perekonnaga või jagada mitmeks perekonnaks, mis nõuab mitme liigi nime muutmist. Terveid taksonirühmi võib üle viia hierarhilise puu teistesse osadesse, kui on saadud uusi teadmisi ühisest esivanemast, näiteks juhul, kui traditsiooniliselt kasutatud morfoloogilised omadused tuleb molekulaarsete tõendite valguses uuesti läbi vaadata. Sellised iseärasused nagu homonüümid (eri liikide identsed nimed) ja sünonüümid (ühe liigi mitu nime) raskendavad taksonoomiaga tegelemist. Selliste dünaamiliste andmete käitlemise keerukus tõi kaasa uue taksonoomilise andmetöötluse valdkonna.
Traditsioonilised taksonoomiad käsitlevad sageli kindlaksmääratud organismide rühma, nt teatavat perekonda, klassi või kuningriiki, ning viitavad teatavale geograafilisele piirkonnale, kus kirjeldatud rühm on hästi tuntud ja dokumenteeritud. Näiteks võib tuua piirkondlikud taksonoomilised kontrollnimekirjad, nagu Euro + Med PlantBase (Euroopa ja Vahemere piirkonna veresoonkonna taimed) ja Fauna Europaea (Euroopa maismaa- ja mageveeloomad), mis on paljude institutsioonide taksonoomide ühised jõupingutused ja mida ajakohastatakse pidevalt. Sellised algatused nagu üleeuroopaline liigikataloogide infrastruktuur (PESI) ühendavad eri kogukondade taksonoomiad ühtseks kõiki taksoneid hõlmavaks kontrollnimekirjaks. Sarnased algatused on olemas ka ülemaailmsel tasandil: Elukataloog koondab 168 taksonoomilisest andmebaasist pärit andmed teadaolevate looma-, taime-, seene- ja mikroorganismide liikide autoriteetsesse indeksisse, milles on praegu loetletud 1,8 miljonit maailma 1,9 miljonist nimetatud liigist. GBIFi tuumiktaksonoomia põhineb elukataloogil ja seda koostatakse korrapäraselt automaatse protsessina 56 allikast.
On ütlematagi selge, et otsus selle kohta, millist kontrollnimekirja kollektsiooni puhul kasutada, sõltub taksonoomilisest ja geograafilisest katvusest. Taksonoomiaid ajakohastatakse pidevalt, nii et kogumisobjekte tuleks korrapäraste ajavahemike järel mis tahes nimetatud kontrollnimekirjadega sobitada. Enamik neist on kättesaadavad veebiteenuste kaudu, mis võimaldavad hõlpsat integreerimist olemasolevatesse taristutesse ja toodetesse. Piirkondlikke ja ülemaailmseid sünonüümseid kontrollnimekirju, nagu PESI ja elukataloog, saab kasutada päringute laiendamise mehhanismide rakendamiseks, mis laiendavad taksoni kasutajapäringuid kõigile selle taksoni teadaolevatele sünonüümidele. Sellised päringute laiendamise funktsioonid on elurikkuse portaalides juba nüüdisaegsed.
Loodusloo isendite puhul on lähiminevikus laialdaselt kasutatud seotud avatud andmete identifikaatoreid, näiteks rakendades Euroopa taksonoomiliste rajatiste konsortsiumi (CETAF) HTTP stabiilseid identifikaatoreid. Taksode puhul arutatakse sarnaseid algatusi, kuid olemuslik ebakindlus ja taksonoomiate pidev voog muudavad taksonid raskesti mõistetavaks ja takistavad selliseid jõupingutusi.
Üks probleem, mida ei saa lahendada kanooniliste taksonoomiate abil, on valesti identifitseerimine – teatava liigi puhul ekslikult kasutatud isendid, mille tulemusena kasutatakse esemete puhul valesid nimetusi. Seda ei saa täielikult vältida, arvestades, et mõned kogud sisaldavad miljoneid isendeid, mida ei saa pidevalt ajakohastada. Seda tuleks andmete kasutamisel arvesse võtta.
OpenUp! puhul ei kasutata näidisobjektide puhul ühtset taksonoomiat. Kuna andmeid esitavad asutused, kes on oma valdkonna eksperdid, eeldatakse, et nad kohaldavad oma andmete suhtes asjakohaseid kontrollnimekirju enne nende edastamist OpenUpile. Juurdepääsetavuse suurendamiseks rikastab OpenUp! aga objektide metaandmeid üldnimetustega 300 keeles ja dialektidega, nii et liigi võib (teatava kindlusega) leida ilma selle teaduslikku nime teadmata. Täiendav rikastamine hõlmab linke teaduskirjandusele, mis on kättesaadav bioloogilise mitmekesisuse pärandi raamatukogus (BHL), mis on konsortsium, mille eesmärk on teha bioloogilist mitmekesisust käsitlev pärandkirjandus veebis kättesaadavaks.
Tunnustused: Soovin tänada oma kolleege Walter Berendsohni, Petra Böttingerit, Gabi Dröget, Anton Güntschi, Agnes Kirchhoffi ja Gerda Kochi nende väärtuslike märkuste ja ettepanekute eest.
Pildi omistamine:
- Ursus thibetanus G. Cuvier, 1823, Museumfür Naturkunde Berlin, Saksamaa, CC BY-SA
- Bioloogilise klassifikatsiooni seitse peamist taksonoomilist kategooriat, Peter Halasz, Wikimedia Commons, Public Domain.
- Testudo hermanni Gmelin, 1789, Muséum national d'Histoire naturelle, Prantsusmaa, CC BY-NC-ND
