Gamtos istorijos kolekcijų taksonomijos

Gamtos istorijos kolekcijos muziejuose visame pasaulyje yra didžiulių kiekių išsaugotų biologinių egzempliorių saugyklos, kuriose dokumentuojama praeities ir dabarties mūsų planetos biologinė įvairovė, įskaitant daugelį išnykusių rūšių. Šiose kolekcijose yra tokių objektų kaip įdaryti ir sumontuoti gyvūnai, prisegti vabzdžiai, džiovinti augalai, sėklos ir vaisiai, taip pat visų rūšių fosilijos. Anksčiau dauguma šių egzempliorių buvo prieinami tik mokslininkams, tačiau šiandien skaitmeninimas daro juos vis labiau matomus visuomenei. Virtualios vaizdų ir 3D modelių galerijos, taip pat vaizdo ir garso failai suteikia galimybę tyrinėti paslėptus muziejaus sandėlių lobius, kurie paprastai yra neprieinami nuolatiniams lankytojams. „Europeanos“ gamtos istorijos telkėjas „OpenUp!“ šiuo metu portalui „Europeana“ pateikia 8,7 mln. objektų iš 34 institucijų. Tas duomenų teikimas grindžiamas nusistovėjusia gamtos istorijos srities duomenų infrastruktūra, t. y. Europos prieigos prie biologinių kolekcijų paslauga ir Pasauline biologinės įvairovės informacijos priemone.

Norint rasti šiuos objektus Europeanos kolekcijose, dažniausiai naudojamas organizmo pavadinimas. Biologai naudoja binominius pavadinimus – pavadinimus, sudarytus iš dviejų dalių, pvz., Ursus maritimus baltiesiems lokiams, – rūšims pavadinti. Skirtingai nuo bendrinių pavadinimų įvairiomis kalbomis, šie (Latinizuoti) pavadinimai naudojami tarptautiniu mastu. Tam tikras savybes turinčios rūšys skirstomos į gentis, kurios savo ruožtu skirstomos į šeimas. Apibrėždami kelias hierarchines organizmų, turinčių bendrų savybių ir protėvių (vadinamųjų taksonų), grupes, biologai (taksonomai) sukuria taksonomijas. Ursus maritimus rūšis būtų tokios taksonomijos apačioje, kartu su Ursus arctos (ruduoju lokiu) ir Ursus thibetanus (Azijos juoduoju lokiu), ji priklauso Ursus genčiai, kuri savo ruožtu priklauso Ursidae šeimai; Aukščiausiame lygyje būtų Animalia kaip karalystė.

Taksonomija atspindi mūsų supratimą apie rūšių biologinę įvairovę ir evoliuciją, kuri yra nuolat tiriama. Todėl taksonomija nuolat kinta. Atradus naujas rūšis, bus įtraukti nauji pavadinimai. Sistemingais moksliniais tyrimais gali būti nustatyta, kad tam tikra rūšis yra glaudžiau susijusi su kita gentimi, todėl dalis rūšies binomijos turi būti pakeista. Gentis gali būti sujungta su kita gentimi arba padalyta į kelias gentis, todėl reikia pakeisti kelių rūšių pavadinimus. Visos taksonų grupės gali būti perkeltos į kitas hierarchinio medžio dalis dėl naujai atrastų žinių apie bendrą protėvių kilmę, pvz., tais atvejais, kai tradiciškai naudojamos morfologinės savybės turi būti persvarstytos atsižvelgiant į molekulinius įrodymus. Tokie ypatumai kaip homonimai (vienodi skirtingų rūšių pavadinimai) ir sinonimai (keli vienos rūšies pavadinimai) prisideda prie sunkumų, susijusių su taksonomija. Dėl sudėtingo tokių dinaminių duomenų tvarkymo atsirado nauja taksonominės kompiuterijos sritis.

Tradicinės taksonomijos dažnai susijusios su apibrėžta organizmų grupe, pvz., tam tikra šeima, klase ar karalyste, ir nurodo tam tikrą geografinį regioną, kuriame aprašyta grupė yra gerai žinoma ir dokumentuota. Pavyzdžiai – regioniniai taksonominiai kontroliniai sąrašai, pavyzdžiui, „Euro + Med PlantBase“ (Europos ir Viduržemio jūros regiono kraujagysliniai augalai) ir „Fauna Europaea“ (Europos sausumos ir gėlo vandens gyvūnai), kurie yra bendros daugelio institucijų taksonomų pastangos ir yra nuolat atnaujinami. Tokios iniciatyvos kaip visos Europos rūšių žinynų infrastruktūra (PESI) sujungia skirtingų bendruomenių taksonomijas į vieną bendrą visų taksonų kontrolinį sąrašą. Panašios iniciatyvos įgyvendinamos pasauliniu lygmeniu: Gyvybės kataloge duomenys iš 168 taksonominių duomenų bazių kaupiami į autoritetingą žinomų gyvūnų, augalų, grybų ir mikroorganizmų rūšių indeksą, kuriame šiuo metu yra 1,8 mln. GBIF pagrindinė taksonomija grindžiama Gyvybės katalogu ir yra reguliariai automatiškai renkama iš 56 šaltinių. 

Nereikia nė sakyti, kad sprendimas, kuris kontrolinis sąrašas turėtų būti naudojamas kolekcijai, priklauso nuo taksonominės ir geografinės aprėpties. Taksonomijos nuolat atnaujinamos, todėl surinkimo objektai turėtų būti reguliariai derinami su bet kuriuo iš minėtų kontrolinių sąrašų. Dauguma jų yra prieinami per interneto paslaugas, kurios leidžia lengvai integruoti į esamą infrastruktūrą ir produktus. Regioniniai ir pasauliniai sinonimizuoti kontroliniai sąrašai, tokie kaip PESI ir Gyvybės katalogas, gali būti naudojami įgyvendinant užklausų išplėtimo mechanizmus, kurie išplečia naudotojų užklausas dėl taksono visiems žinomiems šio taksono sinonimams. Tokios užklausų plėtimo funkcijos biologinės įvairovės portaluose jau yra pažangiausios.

Gamtos istorijos egzemplioriams pastaruoju metu plačiai naudojami susietųjų atvirųjų duomenų identifikatoriai, pavyzdžiui, įgyvendinant Europos taksonominės infrastruktūros konsorciumo (CETAF) HTTP stabiliuosius identifikatorius. Kalbant apie taksonus, svarstomos panašios iniciatyvos, tačiau dėl būdingo netikrumo ir nuolatinio taksonomijų srauto nėra lengva suvokti taksonus ir tai trukdo tokioms pastangoms.

Problema, kurios negalima išspręsti naudojant kanonines taksonomijas, yra klaidingo identifikavimo problema – tam tikros rūšies egzemplioriai klaidingai identifikuojami, todėl objektams naudojami neteisingi pavadinimai. To negalima visiškai išvengti, atsižvelgiant į tai, kad kai kuriose kolekcijose yra milijonai egzempliorių, kurių negalima nuolat atnaujinti. Todėl į tai reikėtų atsižvelgti naudojant duomenis.

OpenUp! egzempliorių objektams nenaudojama vienoda taksonomija. Kadangi duomenis teikia institucijos, kurios yra atitinkamų sričių ekspertai, tikimasi, kad jos, prieš teikdamos savo duomenis OpenUp, taikys atitinkamus kontrolinius sąrašus. Tačiau, siekiant padidinti prieinamumą, „OpenUp!“ praturtina objektų metaduomenis bendriniais pavadinimais 300 kalbų ir dialektų, kad rūšį būtų galima rasti (su tam tikru tikru tikru tikrumu) nežinant jos mokslinio pavadinimo. Tolesnis praturtinimas apima nuorodas į mokslinę literatūrą, kurią galima rasti Biologinės įvairovės paveldo bibliotekoje (BHL) – konsorciume, kurio tikslas – užtikrinti, kad senoji literatūra apie biologinę įvairovę būtų prieinama internete.

Pripažinimai: Norėčiau padėkoti kolegoms Walteriui Berendsohnui, Petrai Böttinger, Gabi Dröge, Antonui Güntschui, Agnesui Kirchhoffui ir Gerdai Koch už vertingas pastabas ir pasiūlymus.

Paveikslėlių priskyrimas:

1. Ursus thibetanus G.[Baron] Cuvier, 1823 m., Museumfür Naturkunde Berlin, Vokietija, CC BY-SA
2. Septyni pagrindiniai biologinės klasifikacijos taksonominiai rangai, Peter Halasz, Wikimedia Commons, Public Domain. 
3. Testudo hermanni Gmelin, 1789, Muséum national d'Histoire naturelle, Prancūzija, CC BY-NC-ND