Přírodovědné sbírky v muzeích po celém světě jsou úložišti obrovského množství zachovaných biologických exemplářů, které dokumentují minulou i současnou biologickou rozmanitost naší planety, včetně mnoha vyhynulých druhů. Tyto sbírky obsahují předměty, jako jsou vycpaná a namontovaná zvířata, přišpendlený hmyz, sušené rostliny, semena a ovoce, stejně jako všechny druhy fosilií. V minulosti byla většina těchto exemplářů přístupná pouze vědcům, ale dnes je díky digitalizaci veřejnost stále více zviditelňuje. Virtuální galerie obrazů a 3D modelů, jakož i videa a zvukové soubory umožňují prozkoumávat skryté poklady v muzejních depech, které jsou pro běžné návštěvníky obvykle zakázané. Agregátor přirozené historie Europeany OpenUp! v současné době přispívá na portál Europeany 8,7 milionu objektů z 34 institucí. Toto poskytování údajů se opírá o zavedené datové infrastruktury v oblasti přírodní historie, a sice službu pro přístup k biologickým sbírkám pro Evropu a globální informační nástroj pro biologickou rozmanitost.
![Ursus thibetanus G.[Baron] Cuvier, 1823, Museumfür Naturkunde Berlin, Německo, CC BY-SA](/files/Images/Blog_images/2019-01/Ursusthibetanus.jpeg)
K nalezení těchto objektů ve sbírkách Europeany je nejběžnějším přístupovým bodem název organismu. Biologové používají binomie – názvy sestávající ze dvou částí, jako je Ursus maritimus pro ledního medvěda – k označení druhů. Na rozdíl od běžných názvů v různých jazycích se tyto (latinizované) názvy používají mezinárodně. Druhy sdílející určité vlastnosti jsou seskupeny do rodů, které jsou zase seskupeny do rodin. Definováním několika hierarchických skupin organismů se společnými charakteristikami a předky (tzv. taxony) vytvářejí biologové (taxonomisté) taxonomie. Druh Ursus maritimus by byl na spodní úrovni takové taxonomie, spolu s Ursus arctos (medvěd hnědý) a Ursus thibetanus (medvěd černý) patří do rodu Ursus, který zase patří do čeledi Ursidae; Na nejvyšší úrovni by byla Animalia jako království.
Taxonomie představují naše chápání biologické rozmanitosti a evoluce druhů, které je předmětem stálého výzkumu. V důsledku toho jsou taxonomie v konstantním toku. Jakmile budou objeveny nové druhy, budou přidána nová jména. Systematický výzkum by mohl zjistit, že určitý druh je úžeji příbuzný jinému rodu, takže část binomie druhu musí být změněna. Rod může být sloučen s jiným rodem nebo rozdělen do několika rodů, což vyžaduje změnu několika názvů druhů. Celé skupiny taxonů mohou být přesunuty do jiných částí hierarchického stromu v důsledku nově objevených znalostí o společném původu, např. v případech, kdy tradičně používané morfologické charakteristiky musí být přehodnoceny ve světle molekulárních důkazů. Zvláštnosti, jako jsou homonyma (stejné názvy pro různé druhy) a synonyma (několik názvů pro jeden druh), přispívají k obtížím při řešení taxonomií. Složitost zpracování těchto dynamických dat dala vzniknout nové oblasti taxonomických výpočtů.
Tradiční taxonomie se často zabývají definovanou skupinou organismů, např. určitou rodinou, třídou nebo královstvím, a odkazují na určitou zeměpisnou oblast, ve které je popsaná skupina dobře známá a zdokumentovaná. Příkladem jsou regionální „taxonomické kontrolní seznamy“, jako jsou Euro + Med PlantBase (cévní rostliny v Evropě a ve Středomoří) a Fauna Europaea (evropská suchozemská a sladkovodní zvířata), které jsou společným úsilím taxonomů z mnoha institucí a jsou neustále aktualizovány. Iniciativy, jako je celoevropská infrastruktura seznamů druhů (PESI), slučují taxonomie z různých komunit do jediného kontrolního seznamu zahrnujícího všechny taxony. Podobné iniciativy existují na celosvětové úrovni: Katalog Life shromažďuje data ze 168 taxonomických databází do autoritativního indexu známých druhů zvířat, rostlin, hub a mikroorganismů, který v současné době uvádí 1,8 milionu z 1,9 milionu pojmenovaných druhů na světě. Základní taxonomie fondu GBIF vychází z katalogu života a je pravidelně sestavována v automatickém procesu z 56 zdrojů.
Netřeba dodávat, že rozhodnutí o tom, který kontrolní seznam by měl být použit pro sbírku, závisí na taxonomickém a zeměpisném pokrytí. Taxonomie podléhají neustálým aktualizacím, takže přiřazování objektů sběru k některému z výše uvedených kontrolních seznamů by mělo být prováděno v pravidelných intervalech. Většina z nich je k dispozici prostřednictvím webových služeb, které umožňují snadnou integraci do stávajících infrastruktur a produktů. Regionální a globální synonymizované kontrolní seznamy, jako je PESI a Katalog života, lze použít k implementaci mechanismů rozšiřování dotazů, které rozšiřují uživatelské dotazy na taxon na všechna známá synonyma tohoto taxonu. Tyto funkce rozšíření dotazů jsou již na portálech biologické rozmanitosti nejmodernější.
U vzorků z přírodní historie se identifikátory propojených otevřených dat v nedávné minulosti široce používaly, například zavedením stabilních identifikátorů HTTP konsorcia evropských taxonomických zařízení (CETAF). U taxonů se diskutuje o podobných iniciativách, ale vzhledem k inherentní nejistotě a neustálému toku taxonomií není snadné taxony pochopit a brzdit takové úsilí.
Problémem, který nelze vyřešit pomocí kanonických taxonomií, je problém chybné identifikace – exemplářů zaměňovaných s určitým druhem, což vede k používání nesprávných názvů objektů. Tomu nelze zcela zabránit vzhledem k tomu, že některé sbírky obsahují miliony exemplářů, které nelze neustále aktualizovat. To je třeba vzít v úvahu při používání údajů.
Pro OpenUp! se pro exempláře nepoužívá jednotná taxonomie. Vzhledem k tomu, že údaje poskytují instituce, které jsou odborníky ve svých oborech, očekává se, že před poskytnutím údajů do OpenUp použijí na své údaje vhodné kontrolní seznamy. Pro zvýšení přístupnosti však OpenUp! obohacuje metadata objektů o běžná jména ve 300 jazycích a dialektech, takže druh lze nalézt (s určitou jistotou), aniž by byl znám jeho vědecký název. Další obohacení zahrnuje odkazy na vědeckou literaturu, která je k dispozici v knihovně dědictví v oblasti biologické rozmanitosti (BHL), což je konsorcium zaměřené na zpřístupnění starší literatury o biologické rozmanitosti online.
Poděkování: Rád bych poděkoval svým kolegům Walteru Berendsohnovi, Petrě Böttingerové, Gabi Drögeové, Antonu Güntschovi, Agnes Kirchhoffové a Gerdě Kochové za jejich cenné připomínky a návrhy.
Příspěvky k obrázkům:
- Ursus thibetanus G.[Baron] Cuvier, 1823, Museumfür Naturkunde Berlin, Německo, CC BY-SA
- A biological classification’s seven major taxonomic ranks (Sedm hlavních taxonomických řad biologické klasifikace), Peter Halasz, Wikimedia Commons, Public Domain.
- Testudo hermanni Gmelin, 1789, Muséum national d'Histoire naturelle, Francie, CC BY-NC-ND
